A szoftverben a nyelvi beállítások alatt látható, hogy a magyaron kívül angol és spanyol nyelv választható, így két tanítási nyelű iskolák számára is ajánlható, hiszen a modellek feliratai - például az emberi testrészek esetén - hozzájárulnak a szakszókincs bővítéséhez. A Genom 2 többféle korosztálynak szól. A főmenüben beállítható, hogy az 1-4., az 5-8. vagy a 9-12. évfolyammal dolgozunk-e, ennek megfelelően különböző összetettségű és részletességű modelleket választhatunk.

A modellek között egy hierarchikus besorolási rendszeren belül lehet tallózni, az előre mentett nézetek pedig gördülékenyebbé teszik a bemutatni kívánt modellek előhívását. A modellek egyes részei kitakarhatók, illetve rajzzal, kiemelésekkel, jegyzetekkel kiegészíthetők, amelyek külön rétegként elmenthetők, és később betölthetők. Organikus menüszerkezete ikonok segítségével segít a navigációban, menüválasztás után a többi lehetőség eltűnik, és csak a választott menü almenüi lesznek láthatóak a továbbiakban.

A szoftverhez felhasználói és tanári kézikönyv is tartozik, amelyek technikai és módszertani segédletként támogatják a Genom 2 oktatási felhasználását.

A Genom 2 az alábbi témakörökben tartalmaz modelleket: